バセドウ病の治療法には内服薬（抗甲状腺剤）、放射性ヨード治療、甲状腺亜全摘（手術）の三種類がありますが，いずれも免疫異常を改善する根本的な治療法ではありません。

日本では内服薬による治療が一般的ですが、甲状腺ホルモンの生成を抑えている間に免疫異常が改善することを期待する方法で、数年以上内服を続けなければならないこともよくあり根気が必要です。しかし最も安全で確立された治療法と言えます。

手術は甲状腺の大部分を切除することで生成されるホルモンの量を減らそうという方法です。

内服薬で強い副作用がでる人、甲状腺の悪性腫瘍を合併している人などには手術が勧められますし、また薬を長くのんでいるのにうまくコントロールされていない人が手術を受けることもあります。

しかし手術のあとに再発したり、また反対に甲状腺機能低下症になって今度は甲状腺ホルモン剤を生涯のみ続けなければならなくなることも多いです。